En junio de 1993 el Dr. Ortega comienza a trabajar en el Grupo de Ingeniería Biomédica de la Universidad de Sevilla (código nº 3175 de la Consejería de Educación de la Junta de Andalucía), bajo la dirección de la Profesora Dra. Laura Roa Romero, una de las figuras de más prestigio internacional en esta disciplina. Durante más de cinco años, hasta septiembre de 1998, el Dr. Ortega adquiere experiencia en la investigación en Medicina a través del modelado matemático y simulación digital de procesos fisiológicos y patológicos del organismo humano. Fruto del trabajo de esos años son los numerosos trabajos publicados en congresos, revistas científicas y libros nacionales e internacionales.

Como colofón a esos años de trabajo, el 29/09/98 presenta en la Facultad de Medicina de la Universidad de Sevilla su Tesis Doctoral titulada “Contribución al Estudio del Paciente Quemado mediante Análisis Dinámico”, calificada de forma unánime por el tribunal como Apto cum Laude. En abril de 1999 la Universidad de Sevilla le concede el PREMIO EXTRAORDINARIO DE DOCTORADO a las mejores tesis publicadas durante el curso 97/98.